KOF99的事件后，谜之秘密结社暴露其存在已过了一段日子了。但是自那时始，NESTS好象隐蔽起没有举行类似活动，与NESTS对照，世界频繁发生恐怖活动事件，海顿等军事雇佣兵发现那些恐怖活动其实就是NESTS暗中操纵……