学园都市的上条当麻是学园里的一个无能力者，但他有连上帝的奇迹都能抹杀的右手——“幻想杀手”。某一个暑假的日子，在家里的阳台上，他遇见了一位自称自己的叫“茵蒂克丝”的修女。她从魔法的世界逃了出来，现在正在被魔法师追赶中……